前もあったような

JRほどにややこしいポイントを制御する鉄道会社はないわけですが、この種のトラブルは皆さんが思う以上に結構怖いものです。
ＪＲ特急が誤って環状線に進入、急停止し後退　新今宮駅
原因としては一般的に

1. 連動装置の異常
2. PRCの異常、またはトランスポンダの異常

のどちらかが考えられるわけですが、もし前者なら保安上重大な問題です。連動装置の誤作動は列車の衝突を引き起こす可能性がありますからね。普通に考えればおそらく後者だろうとは思います。
ただ、「PRCが規定のプログラムとは違う挙動を示した」というトラブルはJR西管内で以前もあったように記憶しています。列車番号の認識間違いやデータの入力ミスであればまだ救いようがありますが、列車番号を正しく認識し、ダイヤも正しく入力された上で、プログラムが誤作動を起こしていたとすれば、プログラム自体に何らかのバグがある可能性があるわけで、JR西のPRCの信頼性が疑われる事態となるでしょう。