JRE絶不調

PDBから蛋白質立体構造の情報を表示しようとしたのですが、JREが絶不調で困っています。警告によるとJREのロードに失敗し、複数のJVMに致命的なエラーがあるようです。FireFoxでもJavaアプレットを起動しようとするとフリーズし、IE7ではエラーが出て全く動作不能です。Java 6 Update 5のアンインストールもしてUpdate3に戻したのですが、あまり調子がよろしくない。
つい2、3日前にJREの広範なバージョンにおいて脆弱性関連のアップデートがあったのですが、もしかしたらそれが関連しているかもしれませんね。ちなみにOKWaveや他のブログでここ2日ぐらいに投稿された同様の質問・愚痴を見かけましたから、単にmy PCのファイルが壊れているとかそういう問題ではなさそうです。
個人的にJava 6 Update 3でJDKを入れているので、これ以上バージョンを戻したくないのですが・・・。

追記：
コメントでご教示くださったように、最近のバージョンでは「コンソールを表示する」にしないとどうもトラブルが発生しやすいみたいです。参考に
Java Runtime Environment (JRE) 6 Update 5(脳脂肪のパクリメモ)